Director y guionista, que desde el estreno de Aquel ritmillo, su primer largometraje, en el año 1995, al que siguió el largometraje El milagro de P. Tinto, ha desarrollado una filmografía que aúna su particular mirada a través de una surrealista forma de entender el humor. Después vinieron películas como Camino, su mayor incursión en el drama, y que obtuvo seis premios Goya; La gran aventura de Mortadelo y Filemón, con la que llevó a la gran pantalla la obra de Ibáñez; o Campeones, que consiguió el Goya a la mejor película.

El milagro de P. Tinto, de 1998, es el primer largometraje de Javier Fesser, que ya había ganado el Goya con el cortometraje Aquel ritmillo, y que se ha convertido en un clásico de la comedia absurda y delirante. En su más tierna infancia, el niño P. Tinto tiene una revelación: su propósito en la vida debe ser tener una abundante descendencia. Quince años después, P. Tinto y Olivia, una mujer ciega y tacaña, forman un hogar en un aislado valle por el que sólo pasa, cada veinticinco años, el Expreso Pendular del Norte. Cincuenta años después, dos marcianitos, a los que se les ha averiado el ovni, llegan al lugar, y los P. Tinto piensan que se trata de sus hijos.

Camino, de 2008, está inspirada en la verdadera historia de Alexia González Barros, la hija menor de una familia perteneciente al Opus Dei, que falleció en 1985 a los 14 años de edad. Camino se enfrenta al mismo tiempo a dos acontecimientos que son completamente nuevos para ella: enamorarse y morir. El tumor que amenaza su vida hace que su familia, perteneciente al Opus Dei, la anime a encontrar fuerzas a través de la fe. Fue una de las películas triunfadoras en los Premios Goya, consiguiendo seis galardones, incluyendo el de mejor película, director, guion y actriz revelación.

La gran aventura de Mortadelo y Filemón, de 2003, es la aptación al cine de los populares personajes del tebeo español creados por Ibáñez, que consiguió un enorme éxito de taquilla, con más de cuatro millones de espectadores en los cines. Al profesor Bacterio le han robado el más peligroso de sus inventos, un artefacto que termina en manos de un dictador dispuesto a usarlo de forma criminal. Bacterio quiere recuperarlo como sea, pero desconfía de las dotes de Mortadelo y Filemón. Cuando los famosos detectives se enteran de que la T.I.A. ha contratado a un detective chulesco y fanfarrón para resolver el caso, deciden actuar por su cuenta y riesgo.

Campeones, de 2018, une la pasión de Javier Fesser por el humor con su interés por el drama, acercándose a los personajes con grandes dosis de ternura, y destacando el trabajo realizado en la dirección de actores. Marco, un entrenador profesional de baloncesto, se encuentra un día, en medio de una crisis personal, entrenando a un equipo compuesto por personas con discapacidad intelectual. Lo que comienza como un problema se acaba convirtiendo en una lección de vida.

Campeonex, de 2023, es la segunda parte de Campeones, en la que Fesser mantiene intacta la emoción sin sentimentalismos. El equipo de Campeones abandona el baloncesto para adentrarse por error en el fascinante mundo del atletismo de la mano de una entrenadora novata. Entre las duras exigencias de la nueva disciplina y la sorprendente capacidad de la entrenadora para atraer todo tipo de desgracias y calamidades, todo acabará saliendo del revés.